aufgewachsen in der Schweiz aufgewachsen, studierte in Basel Philosophie, in Zürich Kunst und in Gießen angewandte Theaterwissenschaften. Er inszeniert in verschiedenen Konstellationen dokumentarische Theaterstücke, Stadtrauminszenierungen und Hörspiele, die meistens unter dem von ihm gemeinsam mit Helgard Haug und Daniel Wetzel begründeten Label Rimini Protokoll veröffentlicht werden.

In Einzelregie entstanden viele Projekte um Fragen der Mobilität wie etwa die Modelleisenbahnwelt MNEMOPARK, CARGO SOFIA-X, wofür er einen LKW zu einem mobilen Zuschauer*innenraum umbaute, oder die Audiotour REMOTE X für 50 Kopfhörer, die Kaegi mit Jörg Karrenbauer zusammen für über 40 Städte rund um den Erdball immer wieder neu ortsspezifisch konzipierte.

Kaegi interessiert sich auch für posthumane Perspektiven: Für das Schauspielhaus Zürich inszenierte er ein Stück mit 10.000 Heuschrecken. Seine Inszenierung UNCANNY VALLEY//UNHEIMLICHES TAL, welche am Volkstheater zu sehen sein wird, bringt eine animatronische Kopie des Autoren Thomas Melle auf der Bühne.

2007 wurde Rimini Protokoll mit dem Theaterpreis der Faust und 2008 mit dem europäischen Preis „New Realities in Theatre“ ausgezeichnet. 2011 erhielt Rimini Protokoll den Silbernen Löwen der Theater-Biennale von Venedig und 2013 den „Excellence Award“ des japanischen Media Arts Festival für die Multiplayer Theaterinstallation SITUATION ROOMS. 2005 gewann MNEMOPARK den Jurypreis des Festivals Politik im freien Theater. 2010 erhielt Stefan Kaegi den “Routes Award for Cultural Diversity” der Europäischen Kulturstiftung und 2015 mit Rimini Protokoll den Grand Prix Theater des Schweizer Bundesamtes für Kultur. NACHLASS gewann 2018 auf dem Bitef Festival Belgrad den Grand Prize der Jury, sowie den „Premio Ubu“ für das beste ausländische Gastspiel in Italien.